VI - Critique de la méthode
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Les auteurs du présent travail sont conscients qu’il ne représente qu’une première étape et qu’il est largement perfectible.
D’abord, le nombre de cellules testées est restreint, seules des lignées établies ont été testées. Des lignées primitives doivent également être analysées.
D’autres lignées cellulaires, comme les cellules de l’intestin, des reins (organes aussi exposés aux produits toxiques) ou encore des cellules de tissus impliqués dans la réponse hormonale (prostate, ovaires, tissus mammaires) pourront aussi être testées.
Le contrôle de la réponse des cellules neuronales à la substance pure n’a pas été effectué.

La liste des marqueurs biologiques a été limitée à 51 répartis en 6 voies pathologiques . Un certain nombre des familles révélatrices d’autres activités pathologiques doivent également être testées. D’autre part, le regroupement est arbitraire, car de nombreux gènes sont classés dans une famille donnée et ont également un rôle dans une, voire plusieurs autres familles. De plus, l’expression d’un gène est souvent couplée à celle d’un (ou plusieurs) autre gène. Un gène donné peut ainsi être sollicité directement par la substance ou indirectement via un autre gène qui agira par ricochet.
On aurait aussi aimé connaître la réponse à des temps d’exposition de la cellule à la substance plus courts (dizaines de minutes, heures) pour observer une réaction au « choc » ou plus longs (de l’ordre de la semaine) pour observer un éventuel retour à la normale des cellules exposées.
De même, une gamme de concentration de la substance plus large, notamment du côté des très faibles concentrations, serait intéressante à tester pour examiner un éventuel effet hormésis*. Nous avions choisi comme concentration la plus élevée l’IC50, craignant dans un premier temps des réponses cellulaires trop faibles. Au vu des résultats, nous aurions probablement pu nous contenter de choisir C1=(IC50)/10 ou (IC50)/100 afin d’analyser plus finement la réponse de la cellule mise dans des conditions moins extrêmes.

Une autre critique de nos expériences serait d’avoir exposé les cellules à des concentrations autres que les concentrations dites physiologiques. Ces concentrations sont en effet dérivées des « Doses Journalières Admissibles » (DJA) pour une personne. Or la DJA est obtenue le plus souvent par les données de toxicité aiguë obtenues sur des modèles animaux, après application d’un facteur correctif pour tenir compte de l’espèce et du poids.
L’activité la plus dangereuse d’une substance, parce que la moins perceptible à court (semaines) et même à moyen terme (mois, année), n’est pas la toxicité aiguë, mais celle qui se manifeste au bout de plusieurs années, voire des décennies. Ensuite, même si une personne est exposée en dessous du seuil de la DJA, son organisme peut être largement en excès par rapport à ce seuil. D’abord, du fait de la durée de vie de la substance dans l’organisme, qui peut se compter quelques fois en années (la demi-vie du DDT chez l’Homme est de 20 ans) et ainsi s’y accumuler. D’autre part, du fait de sa concentration locale dans certains tissus ou organes, qui peut excéder la DJA. Ainsi, beaucoup de cancérigènes et pesticides sont solubles dans les tissus adipeux ou à forte teneur en lipides* (cerveau) et peuvent s’y concentrer fortement. Plusieurs substances peuvent ainsi se « retrouver » et inter-réagir. Ceci peut amener à des substances toxiques nouvelles. Il faut aussi tenir compte du polymorphisme* humain, permettant à certains de tolérer la DJA.
Enfin, même la notion de dose est critiquable. Ainsi, une molécule d’hormone - ou d’analogue d’hormone trouvée dans notre environnement -, qui est de l’ordre du millième de milliardième de milliardième de gramme, suffit à forcer une cellule réceptrice à se diviser et éventuellement à proliférer.

Notion de toxicité cellulaire / organes / organisme
La toxicogénomique explore la toxicité sur des cellules. Or un tissu ou un organe n’est pas la simple somme de ses cellules, un individu n’est pas non plus la simple somme de ses tissus et organes. Se pose donc la question de la pertinence de la toxicogénomique pour évaluer la toxicité au niveau systémique (ensemble de l’individu).
Si un produit est toxique au niveau des cellules, il sera nécessairement toxique pour l’individu mais n’induira pas forcément de pathologie. La toxicogénomique est un premier crible pour identifier les substances certainement dangereuses. Elle n’est pas suffisante car des toxicités plus systémiques* peuvent survenir, comme par exemple celles induites par des métabolites*. Pour les substances auxquelles le consommateur ou le patient est largement exposé (additifs alimentaires, médicaments), il conviendra donc de rechercher cette toxicité qui échapperait éventuellement à la toxicogénomique. Le recours à des volontaires informés et consentants est alors incontournable, dans le cadre des règles des essais cliniques et à l’aide de méthodes non invasives chaque fois que possible.

Concernant enfin le matériel mis en œuvre dans la toxicogénomique, il est certain que la technique des puces à ADN est encore dans une phase évolutive. Cependant, la sollicitation par la substance testée de plusieurs gènes impliqués dans une même voie pathologique permet de renforcer le fait que cette substance soit potentiellement un risque pour déclencher la pathologie.
La technologie des puces à ADN a besoin d’être encore approfondie et précisée en terme de nombres de gènes à tester, facilité de mise en œuvre, d’exploitation des données et d’analyse des résultats.
Quoi qu’il en soit, nos résultats démontrent qu’il existe un potentiel pathologique pour les  substances étudiées et que cette étude est le premier pas vers des études plus approfondies et peut-être plus ciblées en fonction de l’utilisation que l’on veut faire de ces substances.