Annexe - Liste des gènes utilisés dans le projet
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Nos connaissances sur les gènes choisis pour figurer sur les puces à ADN sont fondées sur les synthèses existantes dans des bases de données spécialisées, ainsi que sur les articles scientifiques cités dans ces bases dont, principalement : GenAtlas (http://www.dsi.univ-paris5.fr/genatlas/), Gene (http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez), Medline (http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez) et OMIM (http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez).

1. A2M : Macroglobuline alpha 2

# Nom anglais : Alpha-2-macroglobulin
# Commentaire base de données Gene : la macroglobuline alpha 2 est un inhibiteur de protéase et un transporteur de cytokines. Elle inhibe plusieurs protéases, dont la trypsine, la thrombine et la collagénase. A2M est impliqué dans la maladie d'Alzheimer en raison de sa capacité à favoriser la clairance et la dégradation d'A-béta, le consituant majeur de dépôts béta-amyloïdes.
# Fonction : inhibe, dans le sang, plusieurs protéases, dont la trypsine, la thrombine et la collagénase ; assure le transport de cytokines ; bloque la dégradation de protéines, en particulier amyloïdes.
# Effets : une inhibition de ce gène peut favoriser l'apparition de la maladie d'Alzheimer, de sclérose en plaques, de diabète de type 2 et autres maladies conformationnelles ou auto-immunes. L'inhibition ou la stimulation de ce gène peuvent induire des troubles de la coagulation sanguine.
# Références bibliographiques :
Biochim Biophys Acta. 2004 Nov 5;1690(3):203-7.
Significantly increased fractions of transformed to total alpha2-macroglobulin concentrations in plasma from patients with multiple sclerosis.
Jensen PE, Humle Jorgensen S, Datta P, Sorensen PS.
Hum Mol Genet. 2003 Nov 1;12(21):2765-76. Epub 2003 Sep 9
Genetic association of Alzheimer's disease with multiple polymorphisms in alpha-2-macroglobulin.
Saunders AJ, Bertram L, Mullin K, Sampson AJ, Latifzai K, Basu S, Jones J, Kinney D, MacKenzie-Ingano L, Yu S, Albert MS, Moscarillo TJ, Go RC, Bassett SS, Daly MJ, Laird NM, Wang X, Velicelebi G, Wagner SL, Becker DK, Tanzi RE, Blacker D.
Neurology. 2002 Sep 10;59(5):756-8
Genetic association of alpha2-macroglobulin polymorphisms with AD in southern Italy.
Zappia M, Cittadella R, Manna I, Nicoletti G, Andreoli V, Bonavita S, Gambardella A, Quattrone A.
Neuropathol Appl Neurobiol. 2002 Aug;28(4):308-13
Genetic association of argyrophilic grain disease with polymorphisms in alpha-2 macroglobulin and low-density lipoprotein receptor-related protein genes.
Ghebremedhin E, Schultz C, Thal DR, Del Tredici K, Rueb U, Braak H.

2. ACHE : Acétylcholinestérase

# Nom anglais : Acetylcholinesterase
# Commentaire base de données Gene : l'acétylcholinestérase hydrolyse le neurotransmetteur, l'acétylcholine, à la jonction neuromusculaire et dans les synapses cholinergiques cérébrales. Ainsi, elle met fin à la transmission du signal nerveux. On la trouve également sur la membrane des globules rouges, où elle constitue l'antigène de groupe sanguin Yt. L'acétylcholinestérase existe sous de multiples formes moléculaires qui possèdent des propriétés catalytiques similaires mais diffèrent par leur assemblage d'oligomères et par leur mode de liaison à la surface de la membrane cellulaire. Elle est codée par le seul gène ACHE. La diversité structurelle parmi les produits du gène provient de l'épissage alternatif de l'ARNm et des associations post-traductionnelles de sous-unités catalytiques et structurelles. La forme majeure de l'acétylcholinestérase est présente dans le cerveau, les muscles et d'autres tissus. Il s'agit de la forme hydrophile, qui forme des oligomères liés par des ponts disulfides avec des sous-unités contenant des lipides ou collagènes. L'autre forme issue de l'épissage alternatif, exprimée surtout dans les tissus érythrocytaires, diffère par sa partie C terminale et contient un peptide hydrophobique sécable avec un site d'ancrage GPI. Elle s'associe aux membranes par l'intermédiaire de groupements phophoinositides ajoutés post-traductionnellement.
# Fonction : intervient dans la transmission de l'influx nerveux entre nerf et muscle, et à l'intérieur de certaines structures cérébrales.
# Effets : l'inhibition de ce gène peut entraîner un mauvais développement musculaire ou nerveux si l'expression du gène est altérée pendant la vie embryonnaire, ou encore induire des troubles de comportements fondamentaux tels que la prise de nourriture ou la reproduction, ou d'autres comportements sous contrôle de structures cérébrales cholinergiques.
# Références bibliographiques :
Neurol Sci. 2002 Sep;23 Suppl 2:S95-6.
Cerebrospinal fluid levels of biomarkers and activity of acetylcholinesterase (AChE) and butyrylcholinesterase in AD patients before and after treatment with different AChE inhibitors.
Parnetti L, Amici S, Lanari A, Romani C, Antognelli C, Andreasen N, Minthon L, Davidsson P, Pottel H, Blennow K, Gallai V.
Oncogene. 2002 Dec 5;21(55):8428-41.
Complex regulation of acetylcholinesterase gene expression in human brain tumors.
Perry C, Sklan EH, Birikh K, Shapira M, Trejo L, Eldor A, Soreq H.
J Biol Chem. 2002 Sep 27;277(39):36129-36. Epub 2002 Jul 24.
A cyclic AMP-dependent pathway regulates the expression of acetylcholinesterase during myogenic differentiation of C2C12 cells.
Siow NL, Choi RC, Cheng AW, Jiang JX, Wan DC, Zhu SQ, Tsim KW.
Biochem Biophys Res Commun. 2004 Mar 5;315(2):502-8.
Activation/deactivation of acetylcholinesterase by H2O2: more evidence for oxidative stress in vitiligo.
Schallreuter KU, Elwary SM, Gibbons NC, Rokos H, Wood JM.

3. ALB : Albumine

# Nom anglais : Albumin
# Commentaire base de données Gene : l'albumine est une protéine monomérique soluble qui constitue environ la moitié des protéines sériques. Elle est surtout un transporteur de stéroïdes, acides gras et hormones thyroïdiennes et joue un rôle dans la stabilisation du volume du fluide extracellulaire. Des mutations de ce gène, sur le chromosome 4, provoquent la production de nombreuses protéines anormales. L'albumine est une protéine sérique non glycosylée globulaire de poids moléculaire 65 000. Le gène de l'albumine humaine comporte 19 961 nucléotides depuis le site cap supposé jusqu'au premier site d'addition poly(A). Il est divisé en 15 exons placés symétriquement au sein des 3 domaines et dont on pense qu'ils se seraient formés par triplication d'un domaine simple primordial. L'albumine est synthétisée dans le foie en tant que préproalbulmine, laquelle comporte un peptide N terminal qui sera enlevé avant que la protéine en formation ne sorte du réticulum endoplasmique. Le produit, la proalbumine, est coupé dans l'appareil de Golgi pour produire l'albumine sécrétée.
# Fonction : cette protéine synthétisée dans le foie est secrétée dans le sang où elle sert de transporteur pour des stéroïdes, des acides gras ou l'hormone thyroïdienne. Elle joue également un rôle dans la stabilisation du volume de liquide extracellulaire,  dans la régulation de la glycémie, donc, dans l'homéostasie de l'organisme.
# Effets : sur des patients dépourvus d'albumine, il a été observé de forts taux de cholestérol, une grave ostéoporose juvénile et le décès par cancer. La perturbation de l'expression de ce gène peut donc entraîner des troubles métaboliques.
# Références bibliographiques :
Thromb Haemost. 2004 Mar;91(3):610-8.
Serum albumin predicts cardiac adverse events in patients with advanced atherosclerosis - interrelation with traditional cardiovascular risk factors.
Schillinger M, Exner M, Mlekusch W, Amighi J, Sabeti S, Schlager O, Wagner O, Minar E.
J Biol Chem. 2003 Nov 28;278(48):47376-87. Epub 2003 Sep 11.
Human glycated albumin affects glucose metabolism in L6 skeletal muscle cells by impairing insulin-induced insulin receptor substrate (IRS) signaling through a protein kinase C alpha-mediated mechanism.
Miele C, Riboulet A, Maitan MA, Oriente F, Romano C, Formisano P, Giudicelli J, Beguinot F, Van Obberghen E.
Int J Biochem Cell Biol. 2002 Sep;34(9):1115-24.
Thermodynamic analysis of human serum albumin interactions with glucose: insights into the diabetic range of glucose concentration.
Mohamadi-Nejad A, Moosavi-Movahedi AA, Hakimelahi GH, Sheibani N.

4. APAF1 : Facteur activateur de protéase apoptotique 1

# Nom anglais : Apoptotic protease activating factor
# Commentaire base de données Gene : ce gène code pour une protéine cytoplasmique qui déclenche l'apoptose. Cette protéine contient plusieurs copies du domaine WD-40, un domaine de recrutement de caspase (CARD), et un domaine ATPase (NB-ARC). En se liant au cytochrome c et au dATP, cette protéine forme un apoptosome oligomérique. L'apoptosome se lie et coupe la préprotéine caspase 9, dont il libère la forme mature, active. La caspase 9 activée stimule la cascade des caspases qui mène la cellule à l'apoptose. L'épissage alternatif fournit plusieurs transcrits qui codent pour différentes isoformes.
# Fonction : cette protéine ubiquitaire déclenche l'apoptose en activant les caspases, c'est-à-dire, force la cellule à se suicider. Elle joue donc un rôle important dans le développement (les tissus et organes acquièrent leur morphologie grâce à l'élimination de cellules surnuméraires) et dans l'immunité (les cellules anormales - cancéreuses, par exemple - doivent être détruites). Elle peut être activée par P53 quand il y eu des dommages de l'ADN.
# Effets : l'inhibition de ce gène peut donc favoriser l'apparition de tumeurs (surtout des mélanomes) et les métastases. Si cette inhibition intervient pendant la vie embryonnaire, de graves malformations du fœtus sont possibles.
# Références bibliographiques :
Pigment Cell Res. 2005 Feb;18(1):59-62.
Decreased expression of Apaf-1 with progression of melanoma.
Mustika R, Budiyanto A, Nishigori C, Ichihashi M, Ueda M.
Oncogene. 2004 Oct 28;23(50):8292-300.
Allelic imbalance of APAF-1 locus at 12q23 is related to progression of colorectal carcinoma.
Umetani N, Fujimoto A, Takeuchi H, Shinozaki M, Bilchik AJ, Hoon DS.
Br J Cancer. 2004 Sep 13;91(6):1089-95.
Reduced Apaf-1 expression in human cutaneous melanomas.
Dai DL, Martinka M, Bush JA, Li G.

5. AR : Récepteur aux androgènes

# Nom anglais : Androgen receptor
# Commentaire base de données Gene : le gène du récepteur aux androgènes a plus de 90 kb et code pour une protéine ayant 3 domaines fonctionnels majeurs : le domaine N terminal, le domaine de liaison à l'ADN et le domaine de liaison aux androgènes. La protéine fonctionne comme un facteur de transcription activé par les hormones stéroïdes. Après liaison avec le ligand hormonal, le récepteur se dissocie de protéines accessoires, s'introduit dans le noyau, se dimérise, et enfin, stimule la transcription des gènes de réponse aux androgènes. Ce gène contient 2 segments de répétition polymorphique de trinucléotides qui codent des segments polyglutamine et polyglycine dans le domaine de transactivation N terminal de la protéine. L'expansion des segments polyglutamine cause l'atrophie musculaire spinale bulbaire (maladie de Kennedy). Des mutations dans ce gène sont aussi associées à l'insensibilité complète aux androgènes (CAIS).
# Fonction : lorsqu'un androgène (hormone stéroïde) se lie à ce récepteur, ce dernier va induire l'expression de plusieurs gènes. Des mutations de ce gène ont été associées au syndrome d'insensibilité aux androgènes. Ce gène intervient dans la différentiation sexuelle masculine.
# Effets : l'inhibition de ce gène peut entraîner des troubles de cette différentiation sexuelle : cryptorchidie, hypospadias, etc. La stimulation de ce gène peut favoriser le cancer de la prostate.
# Références bibliographiques :
Eur J Endocrinol. 2005 Mar;152(3):419-25
Androgen receptor gene CAG and GGC repeat lengths in cryptorchidism.
Ferlin A, Garolla A, Bettella A, Bartoloni L, Vinanzi C, Roverato A, Foresta C.
Biochem Biophys Res Commun. 2005 Apr 1;329(1):100-4
GGC and StuI polymorphism on the androgen receptor gene in endometrial cancer patients.
Sasaki M, Karube A, Karube Y, Watari M, Sakuragi N, Fujimoto S, Dahiya R.
Breast Cancer Res Treat. 2004 Dec;88(3):239-46
Increased frequency of long androgen receptor CAG repeats in male breast cancers.
MacLean HE, Brown RW, Beilin J, Warne GL, Zajac JD.
J Clin Endocrinol Metab. 2005 Feb;90(2):1041-6. Epub 2004 Nov 9
Correlating androgen and estrogen steroid receptor expression with coronary calcification and atherosclerosis in men without known coronary artery disease.
Liu PY, Christian RC, Ruan M, Miller VM, Fitzpatrick LA.
IUBMB Life. 2004 Jul;56(7):417-26
Androgen receptor gene methylation and exon one CAG repeat length in ovarian cancer: differences from breast cancer.
Kassim S, Zoheiry NM, Hamed WM, Going JJ, Craft JA.
Cancer Res. 2005 Jan 1;65(1):54-65
Xenoestrogen action in prostate cancer: pleiotropic effects dependent on androgen receptor status.
Wetherill YB, Fisher NL, Staubach A, Danielsen M, de Vere White RW, Knudsen KE.
J Cancer Res Clin Oncol. 2004 May;130(5):253-8. Epub 2004 Feb 13
Androgen receptor (AR) expression is an independent unfavorable prognostic factor in gastric cancer.
Kominea A, Konstantinopoulos PA, Kapranos N, Vandoros G, Gkermpesi M, Andricopoulos P, Artelaris S, Savva S, Varakis I, Sotiropoulou-Bonikou G, Papavassiliou AG.
J Neurochem. 2001 Jun;77(5):1319-26
Testosterone-mediated neuroprotection through the androgen receptor in human primary neurons.
Hammond J, Le Q, Goodyer C, Gelfand M, Trifiro M, LeBlanc A.

6. ATF6 : Facteur activateur de transcription 6

# Nom anglais : Activating transcription factor 6
# Commentaire base de données Gene : ATF6 est un facteur de transcription transmembranaire du réticulum endoplasmique, régulé par le stress et qui active la transcription de molécules du réticulum endoplasmique.
# Fonction : c'est une protéine de stress ubiquitaire activée quand des protéines mal repliées s'accumulent dans le réticulum endoplasmique. Elle participe au contrôle qualité des protéines.
# Effets : l'inhibition de ce gène peut permettre l'accumulation de protéines mal repliées, et donc, favoriser les maladies conformationnelles (Alzheimer, sclérose en plaques, etc.) ou des réactions auto-immunes.
# Références bibliographiques :
J Hepatol. 2003 May;38(5):605-14
Activation of the ATF6, XBP1 and grp78 genes in human hepatocellular carcinoma: a possible involvement of the ER stress pathway in hepatocarcinogenesis.
Shuda M, Kondoh N, Imazeki N, Tanaka K, Okada T, Mori K, Hada A, Arai M, Wakatsuki T, Matsubara O, Yamamoto N, Yamamoto M.

7. ATM : Gène muté dans l'ataxie télangiectasie

# Nom anglais : Ataxia telangiectasia mutated
# Commentaire base de données Gene : la protéine codée par ce gène appartient à la famille de kinases PI3/PI4. Cette protéine est une importante kinase point de contrôle du cycle cellulaire qui phosphoryle ; ainsi, elle agit comme régulateur d'une grande variété de downstream proteins, dont les protéines suppresseurs de tumeurs p53 et BRCA1, la kinase point de contrôle CHK2, les protéines points de contrôle RAD17 et RAD9, et la protéine de réparation de l'ADN NBS1. On pense que cette protéine et la kinase proche ATR seraient des contrôleurs majeurs des voies de points de contrôle du cycle cellulaire qui sont requis pour la réponse cellulaire aux dommages à l'ADN et pour la stabilité du génome. Des mutations dans ce gène sont associées à l'ataxie télangiectasie, une maladie autosomale récessive. Au moins trois différents transcrits, résultant de l'épissage alternatif et qui codent pour des isoformes différentes, ont été identifiés.
# Fonction : cette protéine ubiquitaire régule certaines étapes du cycle cellulaire ; elle intervient dans la réparation de dommages causés à l'ADN (irradiation) et dans la stabilité du génome ou des télomères. Elle peut activer p53 ou BRCA1 et agir donc comme antioncogène. Elle joue un rôle important dans le développement, en particulier du système nerveux et de la reproduction.
# Effets : l'inhibition de ce gène peut favoriser les lymphomes, leucémies et tumeurs.
# Références bibliographiques :
Genes Chromosomes Cancer. 2005 Jan;42(1):1-9
Cancer risk according to type and location of ATM mutation in ataxia-telangiectasia families.
Cavaciuti E, Lauge A, Janin N, Ossian K, Hall J, Stoppa-Lyonnet D, Andrieu N.
DNA Repair (Amst). 2004 Aug-Sep;3(8-9):889-900
DNA damage-induced activation of ATM and ATM-dependent signaling pathways.
Kurz EU, Lees-Miller SP.
Ann Neurol. 2004 Jun;55(6):891-5
Adult-onset ataxia telangiectasia due to ATM 5762ins137 mutation homozygosity.
Sutton IJ, Last JI, Ritchie SJ, Harrington HJ, Byrd PJ, Taylor AM.
Blood. 2003 May 1;101(9):3622-7. Epub 2003 Jan 2
Missense mutation and defective function of ATM in a childhood acute leukemia patient with MLL gene rearrangement.
Oguchi K, Takagi M, Tsuchida R, Taya Y, Ito E, Isoyama K, Ishii E, Zannini L, Delia D, Mizutani S.
Blood. 2002 Aug 15;100(4):1430-7
ATM mutations are associated with inactivation of the ARF-TP53 tumor suppressor pathway in diffuse large B-cell lymphoma.
Gronbaek K, Worm J, Ralfkiaer E, Ahrenkiel V, Hokland P, Guldberg P.

8. BAX : Protéine X associée à BCL2

# Nom anglais : BCL2-associated X protein
# Commentaire base de données Gene : la protéine codée par ce gène appartient à la famille de protéines BCL2. Les membres de la famille BCL2 forment des hétéro ou homodimères et agissent comme anti ou pro régulateurs de l'apoptose impliqués dans une grande variété d'activités cellulaires. Cette protéine forme un hétérodimère avec BCL2 et agit comme activateur apoptotique. Il a été rapporté que cette protéine interagit avec le canal anionique mitochondrial voltage dépendant (VDAC), dont elle augmente l'ouverture, ce qui mène à une diminution du potentiel de membrane et à la libération de cytochrome c. L'expression de ce gène est régulée par le suppresseur de tumeurs P53 et il a été montré qu'elle était impliquée dans l'apoptose induite par P53. Six transcrits d'épissage alternatif, qui codent pour différentes isoformes, ont été documentés pour ce gène.
# Fonction : cette protéine ubiquitaire active l'apoptose ; elle est régulée par p53. Elle est également présente à certains moments du cycle menstruel et pourrait donc jouer un rôle dans la fonction de reproduction chez la femme.
# Effets : l'inhibition de ce gène peut favoriser diverses tumeurs.
# Références bibliographiques :
Int J Mol Med. 2004 Oct;14(4):697-706
Bax is an important determinant for radiation sensitivity in esophageal carcinoma cells.
Kim R, Inoue H, Toge T.
World J Gastroenterol. 2005 Feb 7;11(5):721-5
Correlation between expression of gastrin, somatostatin and cell apoptosis regulation gene bcl-2/bax in large intestine carcinoma.
Mao JD, Wu P, Xia XH, Hu JQ, Huang WB, Xu GQ.
Endocr J. 2004 Aug;51(4):399-405
Immunohistochemical analysis of bcl-2, Bax and Bak expression in thyroid glands from patients with Graves' disease.
Hiromatsu Y, Kaku H, Mukai T, Miyake I, Fukutani T, Koga M, Shoji S, Toda S, Koike N.
World J Gastroenterol. 2004 Nov 15;10(22):3251-4
Detection of bcl-2 and bax expression and bcl-2/JH fusion gene in intrahepatic cholangiocarcinoma.
Guo LL, Xiao S, Guo Y.
Br J Cancer. 2004 Sep 13;91(6):1081-8
Upregulation of p16(INK4A) and Bax in p53 wild/p53-overexpressing crypts in ulcerative colitis-associated tumours.
Yoshida T, Matsumoto N, Mikami T, Okayasu I.
Pituitary. 2003;6(3):127-33
Correlation of bcl-2 and bax with apoptosis in human pituitary adenomas.
Sambaziotis D, Kapranos N, Kontogeorgos G.

9.BCL2 : Lymphome des cellules B 2

# Nom anglais : B-cell / CLL lymphoma 2
# Commentaire base de données Gene : ce gène code pour une protéine membranaire mitochondriale qui bloque l'apoptose de certaines cellules comme les lymphocytes. L'expression constitutive de BCL2, comme dans le cas de la translocation de BCL2 sur le locus des chaînes lourdes d'immunoglobulines, pourrait être la cause du lymphome folliculaire. Deux transcrits, produits par épissage alternatif, diffèrent par leur partie C terminale.
# Fonction : cette protéine exprimée surtout dans le système lymphatique (immunitaire) et les testicules inhibe l'apoptose par inhibition des caspases, en compétition avec BAX, en particulier pour les lymphocytes. L'expression des gènes BAX et BCL2 est régulée par p53. Si seul BAX est activé, la cellule se suicide. Si BAX et BCL2 sont activés, la cellule survivra.
# Effets : la stimulation de ce gène peut favoriser l'appariation de cancers, en particulier, des lymphomes, car cette stimulation peut empêcher le suicide de cellules anormales.
# Références bibliographiques :
J Cancer Res Clin Oncol. 2004 Jul;130(7):423-8
Resistance to chemotherapy-induced apoptosis via decreased caspase-3 activity and overexpression of antiapoptotic proteins in ovarian cancer.
Yang X, Zheng F, Xing H, Gao Q, Wei W, Lu Y, Wang S, Zhou J, Hu W, Ma D.
J Int Med Res. 2004 Jul-Aug;32(4):367-74
Low frequency of bcl-2 expression in large non-polypoid colonic neoplasms.
Yamada H, Hasegawa H, Iino H, Eguchi H, Fujii H.
Blood. 2004 May 1;103(9):3355-61. Epub 2004 Feb 5
Kostmann syndrome: severe congenital neutropenia associated with defective expression of Bcl-2, constitutive mitochondrial release of cytochrome c, and excessive apoptosis of myeloid progenitor cells.
Carlsson G, Aprikyan AA, Tehranchi R, Dale DC, Porwit A, Hellstrom-Lindberg E, Palmblad J, Henter JI, Fadeel B.
Leukemia. 2004 Mar;18(3):491-8
Quantitative analysis of bcl-2 expression in normal and leukemic human B-cell differentiation.
Menendez P, Vargas A, Bueno C, Barrena S, Almeida J, De Santiago M, Lopez A, Roa S, San Miguel JF, Orfao A.

10.BZRP : Récepteur périphérique aux benzodiazépines

# Nom anglais : Benzodiazepine receptor (peripheral)
# Commentaire base de données Gene : présent surtout dans les mitochondries des tissus périphériques, PBR interagit avec certaines benzodiazépines et a des affinités différentes de son homologue endogène. PBR apparaît comme un facteur clé dans le flux de cholestérol vers l'intérieur des mitochondries qui permet le début de la synthèse d'hormones stéroïdes. On pense que les patients atteints de lipoid adrenal hyperplasia congénitale, qui ne peuvent pas synthétiser les stéroïdes, auraient une lésion génétique sur BZRP. Une forme courte, PBR-S, est aussi exprimée dans les mêmes tissus mais à un niveau environ 10 fois inférieur à celui de PBR.
# Fonction : contrôle le transfert du cholestérol vers les mitochondries pour permettre la synthèse des hormones stéroïdes ; contrôle aussi le transfert de l’hème (constituant de l'hémoglobine) et des porphyrines (constituant des cytochromes).
# Effets : la stimulation de ce gène a été constatée dans certains cancers, en particulier celui du colon ou du sein.
# Références bibliographiques :
Clin Cancer Res. 2004 Mar 15;10(6):2058-64
Immunohistochemical assessment of the peripheral benzodiazepine receptor in breast cancer and its relationship with survival.
Galiegue S, Casellas P, Kramar A, Tinel N, Simony-Lafontaine J.
J Recept Signal Transduct Res. 2003;23(2-3):225-38
Expression of peripheral benzodiazepine receptor (PBR) in human tumors: relationship to breast, colorectal, and prostate tumor progression.
Han Z, Slack RS, Li W, Papadopoulos V.
Clin Cancer Res. 2002 Oct;8(10):3205-9.
Overexpression of the peripheral benzodiazepine receptor is a relevant prognostic factor in stage III colorectal cancer.
Maaser K, Grabowski P, Sutter AP, Hopfner M, Foss HD, Stein H, Berger G, Gavish M, Zeitz M, Scherubl H.

11.C12orf8 : Réticuloplasmine

# Nom anglais : Chromosome 12 open reading frame 8 (autre nom : ERp29)
# Commentaire base de données Gene : ce gène code pour une réticuloplasmine, une protéine qui réside dans la lumière du réticulum endoplasmique. La séquence de cette protéine a des similarités avec la famille des disulfides isomérases. Toutefois, il lui manque le motif thiorédoxine caractéristique de cette famille, ce qui suggère que cette protéine n'a pas la fonction d'une disulfide isomérase. Cette protéine se dimérise et on pense qu'elle joue un rôle dans la formation des protéines sécrétées dans le réticulum endoplasmique.
# Fonction : contrôle la conformation des protéines secrétées dans le réticulum endoplasmique, en particulier dans la thyroïde (contrôle de la thyroglobuline).
# Effets : l'inhibition de ce gène peut permettre l'accumulation de protéines mal repliées, et donc, favoriser les maladies conformationnelles (Alzheimer, sclérose en plaques, etc.) ou des réactions auto-immunes. Une altération de l'expression de ce gène peut aussi favoriser des troubles thyroïdiens.
# Références bibliographiques :
Gene. 2002 Feb 20;285(1-2):127-39
Genomic organization and promoter characterization of the gene encoding a putative endoplasmic reticulum chaperone, ERp29.
Sargsyan E, Baryshev M, Backlund M, Sharipo A, Mkrtchian S.

12.CALR : Calréticuline

# Nom anglais : Calreticulin
# Commentaire base de données Gene : la calréticuline est une protéine multifonctionnelle qui a un rôle majeur dans le stockage de Ca++ dans la lumière du réticulum endoplasmique. On la trouve aussi dans le noyau, ce qui suggère qu'elle aurait un rôle dans la régulation de la transcription.  Elle se lie au peptide synthétique KLGFFKR, lequel est presque identique à une séquence d'acides aminés du domaine de liaison avec l'ADN de la superfamille des récepteurs nucléaires. La calréticuline se lie aux anticorps du sérum de certains patients atteints de lupus systémique et du syndrome de Sjogren, qui contient des anticoprs anti-Ro/SSA. Elle est très conservée entre espèces et elle se situe dans le réticulum endoplasmique et sarcoplasmique, où elle peut se lier au calcium. La terminaison amine de la calréticuline interagit avec le domaine de liaison à l'ADN du récepteur aux glucocorticoïdes et empêche ce récepteur de se lier à son ligand spécifique. La calréticuline peut inhiber la liaison du récepteur aux androgènes à son ligand spécifique et peut inhiber l'activité transcriptionnelle in vivo des récepteurs aux androgènes et à l'acide rétinoïque, ainsi que la différenciation neuronale induite par l'acide rétinoïque. Ainsi, la calréticuline est un important modulateur de la régulation de la transcription par les récepteurs nucléaires aux hormones. Le lupus érythémateux systémique est associé à une augmentation du titrage des autoanticorps anti-calréticuline mais la calréticuline n'est pas un antigène Ro/SS-A, contrairement à ce que certaines publications ont pu suggérer.  L'augmentation du titrage d'autoanticorps anti-calréticuline humaine a été trouvée chez des enfants atteints de complete congenital heart block of both the IgG and IgM classes.
# Fonction : cette protéine très répandue et exprimée surtout pendant le développement embryonnaire stocke et régule les ions calcium dans le réticulum endoplasmique ; peut inhiber des récepteurs nucléaires, en particulier aux glucocorticoides, lesquels diminuent la réponse inflammatoire ; assiste le repliement des protéines dans le réticulum endoplasmique ; peut inhiber la différentiation neuronale.
# Effets : la perturbation de l'expression de ce gène peut donc avoir de multiples effets : troubles musculaires, y compris cardiaques, inflammation, maladies conformationnelles chez l'adulte, troubles du développement cardiaque ou neuronal chez l'embryon.
# Références bibliographiques :
Cancer Sci. 2004 Dec;95(12):955-61.
Diagnostic potential in bladder cancer of a panel of tumor markers (calreticulin, gamma -synuclein, and catechol-o-methyltransferase) identified by proteomic analysis.
Iwaki H, Kageyama S, Isono T, Wakabayashi Y, Okada Y, Yoshimura K, Terai A, Arai Y, Iwamura H, Kawakita M, Yoshiki T.
Cancer Lett. 2004 Jan 20;203(2):225-31.
Differential downregulation of endoplasmic reticulum-residing chaperones calnexin and calreticulin in human metastatic melanoma.
Dissemond J, Busch M, Kothen T, Mors J, Weimann TK, Lindeke A, Goos M, Wagner SN.
J Biol Chem. 2002 Nov 29;277(48):46696-705. Epub 2002 Sep 24.
Calreticulin differentially modulates calcium uptake and release in the endoplasmic reticulum and mitochondria.
Arnaudeau S, Frieden M, Nakamura K, Castelbou C, Michalak M, Demaurex N.
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13.CDC25C : Cycle de division cellulaire 25C

# Nom anglais : Cell division cycle 25C
# Commentaire base de données Gene : ce gène est très conservé dans l'évolution et joue un rôle clé dans la régulation de la division cellulaire. Il code pour une tyrosine phosphatase qui appartient à la famille des phosphatases Cdc25. Cette protéine entraîne la déphosphorylation de CDC2 lié à la cycline B et déclenche l'entrée en mitose. On pense aussi qu'elle supprime l'arrêt de croissance induit par p53. De multiples transcrits variants générés par épissage alternatif ont été décrits, toutefois, l'intégralité de plusieurs d'entre eux n'est pas connue.
# Fonction : déclenche la division cellulaire ; pourrait supprimer un ordre d'apoptose donné par p53.
# Effets : la stimulation de ce gène peut favoriser l'apparition de tumeurs.
# Références bibliographiques :
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Functional cdc25C dual-specificity phosphatase is required for S-phase entry in human cells.
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14.CDK4 : Kinase dépendante de cycline 4

# Nom anglais : Cyclin-dependent kinase 4
# Commentaire base de données Gene : la protéine codée par ce gène est un membre de la famille des protéines kinases Ser/Thr. Cette protéine est très similaire aux produits des gènes cdc28 de S. cerevisiae cdc28 et cdc2 de S. pombe. C'est une sous-unité catalytique du complexe protéine kinase qui est important pour la progression de phase G1 du cycle cellulaire. L'activité de cette kinase est limitée à la phase G1-S, laquelle est contrôlée par les sous-unités régulatrices de cyclines de type D et l'inhibiteur de CDK p16 (INK4a). Il a été montré que cette kinase était responsable de la phosphorylation du produit du gène rétinoblastome (Rb). Des mutations de ce gène ainsi que des gènes de protéines associées, dont les cyclines de type D, p16 (INK4a) et Rb, ont toutes été associées à la tumorogénèse dans divers types de cancers. De multiples sites de polyadénylation de ce gène ont été trouvés.
# Fonction : régulation du cycle cellulaire au point de contrôle G1->S
# Effets : des mutations de ce gène ont été associées à différents cancers.
# Références bibliographiques :
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15.CDKN1A : Inhibiteur de kinase dépendante de cycline 1A

# Nom anglais : Cyclin-dependent kinase inhibitor 1A (p21, Cip1)
# Commentaire base de données Gene : ce gène code pour un puissant inhibiteur de kinase dépendante de cycline. La protéine codée se lie aux complexes cycline-CDK2 ou -CDK4 et les inhibe, jouant ainsi le rôle d'un régulateur de la progression du cycle cellulaire en phase G1. L'expression de ce gène est étroitement contrôlée par la protéine suppresseur de tumeur p53, et rend compte de l'arrêt du cycle cellulaire en G1 provoqué par p53 en réponse à de nombreuses situations de stress. Cette protéine peut interagir avec l'antigène nucléaire de prolifération cellulaire (PCNA), un facteur accessoire d'ADN polymérase, et joue un rôle de régulation en phase S de réplication d'ADN et de réparation de dommages à l'ADN. Il a été rapporté que cette protéine était spécifiquement clivée par les caspases CASP3-like, ce qui mène ainsi à une activation spectaculaire de CDK2 et peut intervenir dans l'exécution de l'apoptose suite à l'activation des caspases. Deux variants d'épissage alternatif, lesquels codent pour une protéine identique, ont été trouvés.
# Fonction : puissant régulateur du cycle cellulaire en phase G1. Son action est contrôlée par p53, qui bloque le cycle cellulaire en G1 en réponse à des dommages de l’ADN ou autres stress. Durant le développement embryonnaire, cette protéine contrôle la différenciation des muscles, du squelette, des alvéoles pulmonaires.
# Effets : l'inhibition de ce gène facilite l'apoptose. Chez l'adulte, l'inhibition de ce gène peut donc favoriser l'apparition de différents cancers. Chez l'embryon, elle peut provoquer des malformations, en particulier musculaires ou pulmonaires.
# Références bibliographiques :
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p21 gene codon 31 polymorphism is associated with bladder cancer.
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16.CREB1 : cAMP responsive element binding protein 1

# Nom anglais : cAMP responsive element binding protein 1
# Commentaire base de données Gene : ce gène code pour un facteur de transcription membre de la famille des leucine zipper family of DNA binding proteins. Cette protéine se lie, en tant qu'homodimère, à l'élément de réponse cAMP, un palindrome octamérique. La protéine est phosphorylée par plusieurs kinases et induit la transcription de gènes en réponse à la stimulation hormonale de la voie cAMP. L'épissage alternatif de ce gène donne lieu à deux transcrits qui codent pour différentes isoformes.
# Fonction : induit l’expression de gènes en réponse aux stimulations hormonales de la voie cAMP. Assure la survie des neurones, en inhibant leur suicide. Intervient dans l'inflammation de type arthrite rhumatoïde. Intervient dans la spermatogénèse.
# Effets : l'inhibition de ce gène peut favoriser l'apparition de difficultés motrices, de maladies inflammatoires, mais aussi une diminution de la fertilité (surtout masculine). Des niveaux très bas d'expression de ce gène ont été constatés post-mortem dans le cerveau de personnes ayant commis un suicide. Des niveaux bas d'expression de ce gène ont aussi été constatés dans certains cancers.
# Références bibliographiques :
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17.CTSB : Cathepsine B

# Nom anglais : Cathepsin B
# Commentaire base de données Gene : la protéine codée par ce gène est une cystéine protéinase lysosomale composée d'un dimère de chaînes lourde et légère liées par un pont disulfide, toutes deux produites à partir d'un précurseur unique. Elle est aussi connue en tant que sécrétase de protéine précurseur d'amyloïde et joue un rôle dans le traitement protéolytique de la protéine précurseur d'amyloïde (amyloïd precursor protein, APP). Il a été suggéré qu'un traitement protéolytique incomplet d'APP serait un facteur causal de la maladie d'Alzheimer, la cause la plus courante de démence. La surexpression de la protéine codée, laquelle est membre de la famille de peptidases C1, a été associée à l'adénocarcinome oesophagien et d'autres tumeurs. Au moins cinq transcrits variants codant pour la même protéine ont été observés pour ce gène.
# Fonction : protéinase qui dégrade le précurseur de la protéine amyloïde.
# Effets : l'inhibition de ce gène peut résulter dans l'accumulation de protéine amyloïde, laquelle favoriserait l'apparition de la maladie d'Alzheimer. La stimulation de ce gène a été associée à l'adénocarcinome oesophagien et d'autres tumeurs.
# Références bibliographiques :
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18.CTSD : Cathepsine D

# Nom anglais : Cathepsine D
# Commentaire base de données Gene : la protéine codée par ce gène est une aspartyl protéase lysosomale composée d'un dimère de chaînes lourde et légère, toutes deux produites à partir d'un précurseur unique. Cette protéinase, membre de la famille de peptidases C1, a une spécificité similaire à celle de la pepsine A, quoique plus étroite. La transcription de ce gène est initiée à partir de plusieurs sites, dont un qui est aussi un site de départ pour un transcrit régulé par les oestrogènes. Des mutations de ce gène sont impliquées dans la pathogenèse de plusieurs maladies, dont le cancer du sein et, vraisemblablement, la maladie d'Alzheimer.
# Fonction : impliquée dans la différentiation cellulaire et l'apoptose.
# Effets : la stimulation de ce gène peut favoriser la prolifération cellulaire et la dissémination locale des cellules, c'est-à-dire, les phases précoces de différents cancers. Elle peut aussi induire la croissance de tumeurs en agissant sur les cellules endothéliales (vascularisation de la tumeur). L'inhibition de ce gène a aussi été constatée dans certaines tumeurs.
# Références bibliographiques :
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19.CYP19A1 : Aromatase

# Nom anglais : Cytochrome P450, family 19, subfamily A, polypeptide 1
# Commentaire base de données Gene : ce gène code pour un membre de la superfamille d'enzymes des cytochromes P450. Ces enzymes sont des monooxygénases qui catalysent plusieurs réactions impliquées dans le métabolisme des substances chimiques et la synthèse du cholestérol, des stéroïdes et autres lipides. Cette protéine est localisée dans le réticulum endoplasmique et catalyse la dernière étape de la biosynthèse d'oestrogènes, trois hydroxylations successives de l'anneau A des androgènes. Des mutations de ce gène peuvent induire aussi bien une augmentation qu'une diminution de l'activité de l'aromatase ; les phénotypes associés suggèrent que les oestrogènes sont à la fois des hormones stéroïdes sexuelles et des acteurs de la croissance et de la différenciation. Le gène donne lieu à deux variants transcrits.
# Fonction : cette enzyme catalyse la dernière étape de la synthèse d'oestrogènes. Elle joue un rôle dans le développement, la fonction de reproduction, le métabolisme lipidique.
# Effets : une inhibition de ce gène pourrait mener à certains cancers (sein, utérus, testicules) mais aussi à une diminution de la densité osseuse après la ménopause et augmenter, donc, le risque de fractures, également chez les hommes âgés. Une faible expression de ce gène a aussi été associée à des troubles du développement sexuel et à des troubles de la croissance.
# Références bibliographiques :
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20.DRD2 : Récepteur à la dopamine D2

# Nom anglais : Dopamine receptor D2
# Commentaire base de données Gene : ce gène code pour le sous-type D2 du récepteur à la dopamine. Ce récepteur couplé à la protéine G inhibe l'activité adénylyl cyclase. Une mutation missense de ce gène cause la dystonie myoclonique ; d'autres mutations ont été associées à la schizophrénie. L'épissage alternatif de ce gène donne lieu à deux transcrits codant pour différentes isoformes. Un troisième variant a été décrit mais il n'a pas été déterminé si cette forme est normale ou due à un épissage aberrant.
# Fonction : intervient dans la communication neuronale. Joue un rôle dans la régulation de l'appétit et de l'hormone de croissance. Des mutations de ce gène ont été associées à la schizophrénie, l'alcoolisme, ou à la distonie myoclonique (contractions musculaires brèves).
# Effets : l'inhibition de ce gène peut favoriser l'apparition de troubles du comportement (addictions), de difficultés cognitives, de troubles moteurs.
# Références bibliographiques :
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21.EGF : Facteur de croissance de l'épiderme

# Nom anglais : Epidermal growth factor
# Commentaire base de données Gene : ce facteur de croissance a un puissant effet sur la différenciation de cellules spécifiques in vivo et il est aussi un puissant agent mitotique pour une variété de cellules d'origine ecdodermique ou mésodermique en culture. Le précurseur de ce facteur de croissance existerait en tant que molécule liée à la membrane, molécule clivée par protéolyse pour générer l'hormone peptidique de 53 acides aminés qui stimule la division cellulaire.
# Fonction : stimule la multiplication et la différentiation des cellules ectodermiques et mésodermiques.
# Effets : une perturbation de l'expression de ce gène peut induire des retards de croissance.
# Références bibliographiques :
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22.EPHX1 : Epoxide hydrolase 1

# Nom anglais : Epoxide hydrolase
# Commentaire base de données Gene : l'epoxide hydrolase joue un rôle important aussi bien dans l'activation que dans la détoxification de produits chimiques exogènes comme les hydrocarbones aromatiques polycycliques.
# Fonction : cette protéine exprimée dans le foie participe à la détoxification de produits chimiques, en particulier, les polycarbones aromatiques polycycliques.
# Effets : des mutations de ce gène ont été associées à différents cancers. Lorsque ce gène est inhibé, les produits chimiques susceptibles d'être dégradés par cette enzyme demeurent intacts et peuvent ainsi causer des dommages.
# Références bibliographiques :
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Farin FM, Janssen P, Quigley S, Abbott D, Hassett C, Smith-Weller T, Franklin GM, Swanson PD, Longstreth WT Jr, Omiecinski CJ, Checkoway H.

23.ERN1 : Signal réticulum endoplasmique à noyau 1

# Nom anglais : Endoplasmic reticulum to nucleus signalling 1
# Commentaire base de données Gene : la protéine codée par ce gène est un homologue humain du produit du gène Ire1 de la levure. Cette protéine possède une activité kinase intrinsèque et une activité endoribonucléase et joue un rôle important dans la modification de l'expression des gènes en réponse à des signaux de stress ayant leur origine dans le réticulum endoplasmique. Deux transcrits d'épissage alternatif codant différentes isoformes ont été trouvés pour ce gène.
# Fonction : cette protéine de stress exprimée surtout dans le foie et les muscles contrôle l'expression de divers gènes, en réponse à un dommage.
# Effets : une stimulation de ce gène signale que la cellule a subi des dommages et tente de les réparer.
# Références bibliographiques :
Neurochem Int. 2004 Oct;45(5):765-72
JAB1 participates in unfolded protein responses by association and dissociation with IRE1.
Oono K, Yoneda T, Manabe T, Yamagishi S, Matsuda S, Hitomi J, Miyata S, Mizuno T, Imaizumi K, Katayama T, Tohyama M.

24.ESR1 : Récepteur aux oestrogènes 1
# Nom anglais : Estrogen receptor 1
# Commentaire base de données Gene : le récepteur aux oestrogènes est un facteur de transcription activé par son ligand, composé de plusieurs domaines importants pour la liaison avec l'hormone, la liaison avec l'ADN et l'activation de la transcription. L'épissage alternatif donne lieu à plusieurs transcrits, qui diffèrent surtout dans leur région 5' non traduite. Les récepteurs traduits montrent moins de variabilité.
# Fonction : contrôle l'expression de différents gènes impliqués dans la réponse aux oestrogènes et peut être inhibé par BRCA1 ; joue un rôle dans la densité osseuse.
# Effets : la perturbation de l'expression de ce gène peut mener à certaines tumeurs, en particulier, le cancer du sein ou des ovaires. Une inhibition pourrait aussi favoriser l'ostéoporose.
# Références bibliographiques :
Histopathology. 2005 Feb;46(2):153-7
Expression of oestrogen receptor and loss of E-cadherin are diagnostic for gastric metastasis of breast carcinoma.
van Velthuysen ML, Taal BG, van der Hoeven JJ, Peterse JL.
J Bone Miner Res. 2004 Nov;19(11):1758-65. Epub 2004 Sep 20.
Association between exercise and pubertal BMD is modulated by estrogen receptor alpha genotype.
Suuriniemi M, Mahonen A, Kovanen V, Alen M, Lyytikainen A, Wang Q, Kroger H, Cheng S.
J Dermatol Sci. 2004 Sep;35(3):181-6.
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Gynecol Oncol. 2004 Dec;95(3):637-45.
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Ali SH, O'Donnell AL, Mohamed S, Mousa S, Dandona P.
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Ioannidis JP, Ralston SH, Bennett ST, Brandi ML, Grinberg D, Karassa FB, Langdahl B, van Meurs JB, Mosekilde L, Scollen S, Albagha OM, Bustamante M, Carey AH, Dunning AM, Enjuanes A, van Leeuwen JP, Mavilia C, Masi L, McGuigan FE, Nogues X, Pols HA, Reid DM, Schuit SC, Sherlock RE, Uitterlinden AG; GENOMOS Study.
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Neurogenetics. 2004 Jun;5(2):129-33. Epub 2004 May 7.
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Colson NJ, Lea RA, Quinlan S, MacMillan J, Griffiths LR.
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Estrogen receptor alpha in human breast cancer: occurrence and significance.
Ali S, Coombes RC.

25.FOS : Virus oncogène de souris, ostéosarcome

# Nom anglais : v-fos FBJ murine osteosarcoma viral oncogene
# Commentaire base de données Gene : la famille de gènes Fos est composée de 4 membres : FOS, FOSB, FOSL1 et FOSL2. Ces gènes codent pour des protéines leucine zipper, lesquelles peuvent former des dimères avec des protéines de la famille JUN, formant ainsi le complexe facteur de transcription AP-1. Sous cette forme, les protéines FOS sont impliquées dans la régulation de la prolifération, la différentiation et la transformation cellulaires. Dans certains cas, l'expression du gène FOS a aussi été associée à la mort cellulaire apoptotique.
# Fonction : cette protéine exprimée dans le système nerveux central et surtout pendant la période foetale régule la prolifération et la différenciation cellulaires ; pourrait aussi induire l'apoptose ; intervient dans la survie et l'excitabilité des cellules nerveuses.
# Effets : la stimulation de ce gène a été observée dans plusieurs cancers (oesophage, thyroïde).
# Références bibliographiques :
World J Gastroenterol. 2004 Feb 15;10(4):476-80.
Expression of Egr-1, c-fos and cyclin D1 in esophageal cancer and its precursors: An immunohistochemical and in situ hybridization study.
Wu MY, Zhuang CX, Yang HX, Liang YR.
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Kataki A, Sotirianakos S, Memos N, Karayiannis M, Messaris E, Leandros E, Manouras A, Androulakis G.
Biochem Biophys Res Commun. 2003 Apr 25;304(1):143-7.
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Effects of fluid shear stress on expression of proto-oncogenes c-fos and c-myc in cultured human umbilical vein endothelial cells.
Li C, Zeng Y, Hu J, Yu H.

26.GADD45A : Facteur d'arrêt de croissance, inductible par des dommages à l'ADN, alpha

# Nom anglais : Growth arrest and DNA-damage-inducible, alpha
# Commentaire base de données Gene : ce gène est un membre d'un groupe de gènes dont les niveaux de transcription sont augmentés à la suite de situations stressantes d'arrêt de croissance et d'exposition à des agents capables d'endommager l'ADN. La protéine codée par ce gène répond au stress environnemental en intervenant dans l'activation de la voie p38/JNK par l'intermédiaire de la kinase MTK1/MEKK4. La transcription de ce gène suite à un dommage à l'ADN est induite par des mécanismes aussi bien dépendants qu'indépendants de p53.
# Fonction : répond au stress environnemental et aux dommages à l’ADN en inhibant la croissance cellulaire et peut déclencher l'apoptose. Ce gène est exprimé avec CDKN1A sous l'effet de radiations ionisantes. Stimule les mécanismes de réparation de l'ADN.
# Effets : l'inhibition de ce gène favorise la croissance tumorale (ovaires, mélanome, pancréas)
# Références bibliographiques :
Radiat Res. 2002 Apr;157(4):478-82.
Early induction of CDKN1A (p21) and GADD45 mRNA by a low dose of ionizing radiation is due to their dose-dependent post-transcriptional regulation.
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Anticancer Res. 2004 Nov-Dec;24(6):3955-60.
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Proc Natl Acad Sci U S A. 2004 Sep 14;101(37):13618-23. Epub 2004 Sep 7. Erratum in: Proc Natl Acad Sci U S A. 2004 Oct 19;101(42):15271. Zhou, Jin-Rhong [corrected to Zhou, Jin-Rong].
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G2/M arrest by 1,25-dihydroxyvitamin D3 in ovarian cancer cells mediated through the induction of GADD45 via an exonic enhancer.
Jiang F, Li P, Fornace AJ Jr, Nicosia SV, Bai W.
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Clin Cancer Res. 2002 Aug;8(8):2475-9. Review. No abstract available.
Gadd45a: an elusive yet attractive candidate gene in pancreatic cancer.
Hildesheim J, Fornace AJ Jr.

27.GPX1 : Glutathion peroxydase 1

# Nom anglais : Glutathione peroxidase 1
# Commentaire base de données Gene : ce gène code pour un membre de la famille des glutathion peroxydases. La glutathion peroxydase intervient dans la détoxification du peroxyde d'hydrogène ; c'est l'une des plus importantes enzymes antioxydantes chez les humains. Il a été rapporté que la protéine codée par ce gène protège de l'apoptose induite par CD-95 dans les cellules de cancer du sein en culture et inhibe la 5-lipoxygénase dans des cellules sanguines. Sa surexpression retarde la croissance des cellules endothéliales et augmente la résistance aux agressions toxiques. Cette protéine est l'une des rares protéines des vertébrés supérieurs connues pour contenir de la sélénocystéine, laquelle se trouve sur le site actif de la glutathion peroxydase et est codée par le codon stop TGA. De plus, cette protéine est caractérisée par un polymorphisme polyalanine dans la région N terminale, qui comporte trois allèles avec 5, 6 ou 7 répétitions alanine (ALA) dans cette séquence. L'allèle avec 5 répétitions ALA est significativement associé au risque de cancer du sein. Deux transcrits d'épissage alternatif codant pour des isoformes distinctes ont été trouvés pour ce gène.
# Fonction : c'est l'un des agents antioxydants les plus importants chez l’homme. Elle élimine les radicaux libres, qui favorisent de nombreuses pathologies. Par leur pouvoir de provoquer des mutations de l'ADN, les radicaux libres peuvent induire des cancers. Ils peuvent aussi induire des inflammations ou des atteintes au tissu collagène qui soutient les organes. Ils attaquent aussi les membranes riches en lipides, les cellules nerveuses y sont donc très sensibles.
# Effets : une inhibition de ce gène peut donc favoriser beaucoup de pathologies différentes qui se manifesteront ou non selon d'autres facteurs allant dans le même sens ou l'état général de santé de la personne.
# Références bibliographiques :
Xenotransplantation. 2004 Jan;11(1):53-9.
Enhanced expression of glutathione peroxidase protects islet beta cells from hypoxia-reoxygenation.
Lepore DA, Shinkel TA, Fisicaro N, Mysore TB, Johnson LE, d'Apice AJ, Cowan PJ.
J Urol. 2004 Aug;172(2):728-32.
Increased risk of bladder cancer associated with a glutathione peroxidase 1 codon 198 variant.
Ichimura Y, Habuchi T, Tsuchiya N, Wang L, Oyama C, Sato K, Nishiyama H, Ogawa O, Kato T.
Bull Exp Biol Med. 2002 Jun;133(6):606-8.
Activity of glutathione-metabolizing and antioxidant enzymes in malignant and benign tumors of human lungs.
Korotkina RN, Matskevich GN, Devlikanova ASh, Vishnevskii AA, Kunitsyn AG, Karelin AA.
Cancer Res. 2003 Jun 15;63(12):3347-51.
Role of glutathione peroxidase 1 in breast cancer: loss of heterozygosity and allelic differences in the response to selenium.
Hu YJ, Diamond AM.

28.GSS : Glutathion synthétase

# Nom anglais : Glutathione synthetase
# Commentaire base de données Gene : le glutathion est important pour diverses fonctions biologiques, dont la protection des cellules contre les dommages oxydatifs des radicaux libres, la détoxification des xénobiotiques ou le transport membranaire. La protéine codée par ce gène agit en tant qu'homodimère pour catalyser la seconde étape de la biosynthèse du glutathion, c'est-à-dire, la conversion ATP dépendante de gamma-L-glutamyl-L-cystéine en glutathion. Les défauts de ce gène sont la cause de la déficience en glutathion synthétase.
# Fonction : cette enzyme assure aussi la protection contre les radicaux  libres, la détoxification des substances chimiques, le transport membranaire.
# Effets : en permettant la persistance dans l'organisme de radicaux libres ou de diverses substances chimiques, l'inhibition de ce gène permettra que se manifestent les effets délétères de ces substances. Une faible expression de ce gène a été associée à une acidose tissulaire, de l'anémie et des dommages du système nerveux central.
# Références bibliographiques :
Hum Genet. 2005 Apr;116(5):384-9. Epub 2005 Feb 17.
Genotype, enzyme activity, glutathione level, and clinical phenotype in patients with glutathione synthetase deficiency.
Njalsson R, Ristoff E, Carlsson K, Winkler A, Larsson A, Norgren S.
J Neurosci Res. 2004 Feb 15;75(4):508-15.
Increased transcription and activity of glutathione synthase in response to deficiencies in folate, vitamin E, and apolipoprotein E.
Tchantchou F, Graves M, Ashline D, Morin A, Pimenta A, Ortiz D, Rogers E, Shea TB.

29. GSTM3 : Glutathion S-transférase M3

# Nom anglais : Glutathione S-transferase M3
# Commentaire base de données Gene : les formes cytosolique et membranaire de la glutathion S-transférase sont codées par deux familles distinctes de supergènes. A ce jour, huit classes distinctes de glutathion S-transférase soluble cytoplasmique ont été identifiées chez les mammifères : alpha, kappa, mu, omega, pi, sigma, thêta et dzéta. Ce gène code pour une glutathion S-tranférase qui appartient à la classe mu. La classe d'enzymes mu intervient dans la détoxification de composés électrophiles, dont des substances cancérigènes, des médicaments, des toxines de l'environnement et des produits du stress oxydatif, par conjugaison avec le glutathion. Les gènes codant la classe d'enzymes mu sont organisées en cluster sur le chromosome 1p13.3 et sont connus pour être très polymorphiques. Ces variations génétiques peuvent altérer la susceptibilité individuelle aux substances cancérigènes et toxiques, elles peuvent aussi affecter l'efficacité et la toxicité de certains médicaments. Des mutations de ce gène mu ont été liées à une légère augmentation du nombre de cancers, probablement dus à l'exposition aux toxines de l'environnement.
# Fonction : cette enzyme assure la détoxification de composés électrophiles (médicaments, cancérigènes, toxines de l’environnement, etc.) Elle est aussi impliquée dans la physiologie de la reproduction (maintenance de la lignée germinale). Elle est surtout exprimée dans le système nerveux central et assure l'intégrité de la barrière sang / cerveau, empêchant le passage de nombreuses substances chimiques dans le cerveau.
# Effets : des mutations de ce gène peuvent influencer la sensibilité de l'individu à certains agents cancérigènes ou sa réaction à certains médicaments.
# Références bibliographiques :
Carcinogenesis. 2002 May;23(5):803-7.
Polymorphism at GSTM1, GSTM3 and GSTT1 gene loci and susceptibility to oral cancer in an Indian population.
Buch SC, Notani PN, Bhisey RA.

30.HOXD1 : Homéo Box D1

# Nom anglais : Homeo Box D1
# Commentaire base de données Gene : ce gène appartient à la famille de gènes homéobox. Ces derniers codent pour une famille de facteurs de transcription très conservée et qui joue un rôle important dans la morphogénèse dans tous les organismes multicellulaires. Les mammifères possèdent quatre ensembles de gènes homéobox similaires : HOXA, HOXB, HOXC et HOXD, situés sur différents chromosomes, constitués de 9 à 11 gènes disposés en tandem. Ce gène est l'un des différents gènes homéobox HOXD situés sur les régions chromosomiques 2q31-2q37. Des délétions ayant supprimé la totalité de l'ensemble HOXD ou la partie 5' de cet ensemble ont été associées à de graves anomalies des membres ou génitales. Le produit de ce gène pourrait jouer un rôle dans l'établissement de derivatives mésodermiques pendant l'embryogenèse.
# Fonction : les gènes homéobox déterminent la morphogenèse. Ce sont des facteurs de transcription, c'est-à-dire, des gènes qui contrôlent l'expression d'autres gènes ; leur altération peut donc avoir des effets en cascade. HOXD1 participe à la mise en place des membres, de l'appareil génital.
# Effets : la perturbation de l'expression de ce gène peut conduire à des malformations du foetus.
# Références bibliographiques :
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Human lung cancer cells and tissues partially recapitulate the homeobox gene expression profile of embryoniclung.
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Curr Mol Med. 2002 Feb;2(1):13-23. Review.
Homeobox genes and human genetic disorders.
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Mol Biol Rep. 2000;27(4):195-201.
Isolation and characterization of the human homeobox gene HOX D1.
Appukuttan B, Sood R, Ott S, Makalowska I, Patel RJ, Wang X, Robbins CM, Brownstein MJ, Stout JT.

31.HSPA5 : Protéine 5 de choc thermique de 70kDa

# Nom anglais : Heat shock 70kDa protein 5
# Commentaire base de données Gene : lorsque des cellules K12 de hamster chinois sont privées de glucose, la synthèse de plusieurs protéines, appelées protéines régulées par le glucose (GRPs), est notablement augmentée. Hendershot et al (1994) [PubMed 8020977] ont fait remarquer que l'une d'elles, GRP78 (HSPA5), que l'on nomme aussi protéine de liaison aux chaînes lourdes d'immunoglobulines (BiP), est un membre de la famille des protéines de choc thermique 70 (HSP70) et qu'elle est impliquée dans le repliement et l'assemblage des protéines dans le réticulum endoplasmique. Comme beaucoup de protéines du réticulum endoplasmique interagissent avec GRP78, celle-ci pourrait jouer un rôle clé dans l'organisation du transport de protéines dans la cellule.
# Fonction : son expression est augmentée en cas de privation de glucose, elle signale donc un stress. Elle assiste l'assemblage et le repliement des protéines dans le réticulum endoplasmique, ainsi que le transport des protéines dans la cellule.
# Effets : l'inhibition de ce gène peut donc favoriser l'apparition de maladies conformationnelles (Alzheimer, sclérose en plaques, etc.) ou auto-immunes. La stimulation de ce gène peut inhiber l'apoptose, et donc, favoriser la survie de cellules incapables d'assurer leur fonction (autre possible cause de maladies auto-immunes ou de cancer).
# Références bibliographiques :
Exp Cell Res. 2005 May 1;305(2):244-52.
Decreased cell survival and DNA repair capacity after UVC irradiation in association with down-regulation of GRP78/BiP in human RSa cells.
Zhai L, Kita K, Wano C, Wu Y, Sugaya S, Suzuki N.
J Hepatol. 2003 May;38(5):605-14.
Activation of the ATF6, XBP1 and grp78 genes in human hepatocellular carcinoma: a possible involvement of the ER stress pathway in hepatocarcinogenesis.
Shuda M, Kondoh N, Imazeki N, Tanaka K, Okada T, Mori K, Hada A, Arai M, Wakatsuki T, Matsubara O, Yamamoto N, Yamamoto M.